Nas proximidades do Samouco, na Quinta da Praia, encontra-se uma outra estação arqueológica, datada de há 7000 anos (Neolítico). Os alimentos obtidos com a caça e a pesca são agora enriquecidos com o que a agricultura e a pecuária fornece. Este domínio sobre os recursos da Natureza, possibilita uma maior sedentariedade dos grupos. Registam-se já as primeiras formas cerâmicas e a indústria da pedra lascada apresenta um elevado grau de desenvolvimento tecnológico, caracterizada por peças mais pequenas e de maior pormenor.

Os períodos subsequentes (Calcolítico, Idade do Bronze e Idade do Ferro, balizado grosso modo entre os 3º, 2º, e 1º milénios a.C., respectivamente) são caracterizados por um crescente desenvolvimento económico, comercial e cultural. São também períodos marcados por alguma tensão entre grupos o que leva a maioria das populações a defenderem-se em pontos altos, de difícil acessibilidade. A ausência de vestígios destes períodos em Alcochete, poderá justificar-se com a suave orografia que caracteriza a região.

A presença humana é retomada no período Romano, junto da margem direita da ribeira das Enguias, altura em que se construíram vários centros oleiros dedicados quase exclusivamente à produção de ânforas. O destaque vai para Porto dos Cacos, talvez a principal das olarias. A região é rica em argila e recursos florestais, bens essenciais para esta indústria. O produto seria daqui exportado por via fluvial para junto de outros centros especializados na produção de garum, identificados já na Baixa Pombalina, Cacilhas e junto à Torre de Belém. As ânforas eram meros contentores desse garum (um tipo de preparado piscícola para condimento culinário), as quais auxiliavam o respectivo transporte marítimo, para o restante império. Uma vez chegadas ao destino, a maioria delas eram destruídas.

Apesar da sugestão dada pelo topónimo árabe “Alcochete”, não foram ainda encontrados vestígios deste período na região. O testemunho Medieval mais antigo remonta a 1252, já sob o domínio cristão, ano em que se inicia a construção da Igreja de Santa Maria de Sabonha, na actual povoação de São Francisco.

Quanto à vila de Alcochete, os vestígios arqueológicos e arquitectónicos não antecedem os séculos XV / XVI. A vila terá mesmo beneficiado de um franco crescimento nos inícios da Modernidade, altura em que a realeza aqui desfrutava de um pequeno paço para repousar. D. Manuel I aqui nasceu em 1469 e o mesmo monarca atribuiu foral à vila em 1515.