Constituído em 2000 enquanto Agrupamento Horizontal, uma vez que englobava os estabelecimentos de ensino acima referidos excepto a Escola de 2.º/3.º Ciclo, foi por decisão superior que em 11 de Junho de 2007 passou a integrar a EB 2,3 e assumiu a denominação actual.

A Comissão Instaladora do Agrupamento Vertical tomou posse em 24 de Julho de 2007, assumindo deste então a responsabilidade de presidir ao agrupamento, que tem sede na Escola 2.º/3.º Ciclo El-Rei D. Manuel I

De acordo com o regime de autonomia e administração directa, aprovado em Conselho de Ministros, foi criado um Conselho Geral, que substituiu a Assembleia da Escola, e o cargo de Director, constituindo-se desta forma um orgão unipessoal.